В центре сюжета — противостояние эксперта-аналитика ФСБ и военного, который переживает пост-травматический синдром и подозревается в вербовке террористами. В этой истории есть и захватывающая интрига, которая держит зрителя в напряжении и неведении до последнего кадра, и сложная психологическая драма, где героям регулярно приходится делать выбор между личными и общечеловеческими ценностями: патриотизм или предательство, терпимость или религиозный фанатизм, семья или страсть. Действие сериала начинается в 1993 году. Полковник морской пехоты Алексей Брагин и снайпер Юрий Хамзин пропали без вести во время военной операции федеральных войск на Северном Кавказе.
Спустя шесть лет в ходе совместной спецоперации ФСБ и спецназа ГРУ на Северном Кавказе уничтожен лагерь по подготовке террористов; захвачен бункер, в котором обнаруживается прикованный к стене и заросший бородой Брагин. История полковника, шесть лет считавшегося погибшим, быстро становится достоянием СМИ. Освобожденный Брагин находится в тяжелом психологическом и физическом состоянии, он изможден пытками и долгими годами одиночного заключения. С Брагиным начинают работать врачи и психологи, а также Анна, эксперт-аналитик контртеррористического центра ФСБ.