Эйдан Гиллен родился в городском районе Драмкондра, в Дублине, Ирландия. Закончил школу St. Vincent's C.B.S. в Гласневине. Актерскую карьеру начал в возрасте 16 лет, еще в Дублине ролью ткача Основа в пьесе Шекспира «Сон в летнюю ночь». Впоследствии переехал в Лондон. Наиболее известен своей ролью Стюарта Джонса в телесериале телекомпании Channel 4 «Близкие друзья» и ролью мэра Балтимора «Томми Карцетти» в телесериале «Прослушка» компании HBO (за которую был удостоен премии Irish Film and Television Awards). За роль в сиквеле «Близкие друзья 2» в 2000 был номинирован на премию British Academy Television Award как лучший актер. В 2003 году был также был номинирован на премию Тони за роль в пьесе Гарольда Пинтера «The Caretaker», исполненную им в одном из бродвейских театров и театральную премию газеты Irish Times в 2007 за роль Тича в пьесе Дэвида Мэмета «American Buffalo».