Константин Эрнст родился в Москве в семье биолога Льва Константиновича Эрнста. Окончил среднюю школу №35 в Ленинграде. В 1983 году окончил биологический факультет Ленинградского университета. Работал в научно-исследовательских институтах. В 25 лет защитил кандидатскую диссертацию по биохимии.
На телевидение пришел в 1988 году. В 1988-1990 годах работал на Первом канале в программе «Взгляд». В 1991-1995 годах — автор, ведущий, режиссер и продюсер телевизионной программы «Матадор». Реализовал много успешных проектов, среди которых музыкальный полнометражный фильм «Радио тишины», короткометражный игровой фильм «Homo Duplex». В 1995 году назначен на должность генерального продюсера ОРТ. В 1995 году совместно с Денисом Евстигнеевым стал автором и продюсером первой части «Русского проекта». В 1996 году продюсер и сорежиссер «Русского проекта-2». В 1995-1997 годах выступил автором и продюсером мюзиклов «Старые песни о главном — 1, 2, 3». Продюсер телевизионного сериала «Зал ожидания». Сопродюсер художественных фильмов «Блокпост» и «Мама». С 6 сентября 1999 года — генеральный директор Первого канала. В 2000 году Константин Эрнст спродюсировал сериалы: «Убойная сила-2», «Остановка по требованию», «Империя под ударом» и «Граница. Таежный роман», а также традиционно выступил продюсером и автором идеи новогоднего проекта Первого канала «Старые песни о главном. Постскриптум».
В рейтинге высших руководителей 2010 года, составленном газетой «Коммерсантъ», Константин Эрнст занял II место в номинации «Медиабизнес». Гражданская жена — Лариса Синельщикова, президент телекомпании «Красный квадрат», которая производит для «Первого канала» программы и передачи. Бывшая жена — Анна Селюнас, театральный критик.
