Авдотья Смирнова родилась в Москве. Дочь актрисы Натальи Владимировны Рудной и режиссера и актера Андрея Сергеевича Смирнова, внучка советского писателя Сергея Сергеевича Смирнова (1915-1976). Училась на филологическом факультете МГУ, который не окончила. Работала журналистом в «Коммерсанте», затем книжным обозревателем журнала «Афиша» и в журнале «Столица». Во второй половине восьмидесятых годов сотрудничала в самиздатовских журналах «Урлайт» и др. Занималась арт-менеджментом. В качестве шоумена участвовала в концертах независимых московских рок-групп (в том числе и рок-группы «Тупые»). Принимала участие в перформансах «Новых художников». С 1992 года пишет сценарии документальных и художественных фильмов.
В 2006 году начала свою режиссерскую деятельность фильмом «Связь». Вместе с Татьяной Толстой Дуня Смирнова ведет программу «Школа злословия» на канале НТВ, в 2004 году они совместно написали книгу «Кухня «Школы злословия». Была замужем за питерским искусствоведом Аркадием Ипполитовым (у бывших супругов есть общий сын). В 2012 году вышла замуж за политика и на тот момент главу «Роснано» Анатолия Чубайса.
