Мишель Гондри вырос в Версале, в семье, находившейся под сильным влиянием поп-музыки. В детстве Гондри хотел стать художником или изобретателем. В 80-е он посещал школу искусств в Париже, где учился графике. Там он познакомился с друзьями, с которыми создал поп-рок группу «Oui-Oui». Группа выпустила 2 альбома («Chacun tout le monde» и «Formidable») и несколько синглов до распада в 1992 году. Гондри был ударником группы, а также режиссировал их клипы, в которых можно увидеть его странный мир, наполненный духом 60-х и детскими воспоминаниями. Один из клипов был показан на MTV. Он попал на глаза исландской певицы Бьорк, и она попросила Мишеля Гондри снять ее первый клип на песню «Human Behaviour». Партнерство оказалось успешным: Гондри создал для Бьорк еще пять клипов. За этим последовало сотрудничество с другими известными музыкальными исполнителями по всему миру. Гондри также снимал много рекламных роликов для Gap, Smirnoff, Air France, Nike, Coca Cola, Adidas, Polaroid и Levi – последний принес ему титул самого награждаемого режиссера рекламного видео. Голливуд также заинтересовался Гондри. Его первый фильм «Human Nature» был показан в 2001 г. на Каннском кинофестивале. Несмотря на то, что этот фильм не принес Мишелю Гондри большого успеха, продюсеры доверили ему съемки фильма «Вечное сияние чистого разума». Независимая кинолента обрела популярность, а Гондри со своим соавтором был награжден за нее «Оскаром».
