Саймон Уэллс — правнук Герберта Уэллса. Профессиональное образование получил в Политехническом институте Лестера, где изучал аудиовизуальный дизайн. Затем Саймон Уэллс работал на студии аниматора Ричарда Уильямса, принимал участие в работе над фильмом «Кто подставил кролика Роджера?» (1988). После этого художник перебрался в США, сотрудничал с Робертом Земекисом на съемках его сиквелов «Назад в будущее», работал на студии Amblin. В 1991 году состоялся дебют Саймона Уэллса как режиссера, он был сопостановщиком анимационного фильма «An American Tail: Fievel Goes West». Затем последовали мультфильмы «We're Back! A Dinosaur's Story», «Balto», «Принц Египта». В 2002 году Саймон Уэллс выступил в качестве режиссера игрового фильма, поставив крупнобюджетную научно-фантастическую картину «Машина времени» по одноименной книге своего прадеда.